S výjimkou komentáře k Aristotelově Metafyzice Tomáš nevěnoval přímo metafyzické problematice žádný zralý spis. Ovšem jelikož považuje metafyziku za vědu o jsoucnu obecně a jelikož tvrdí, že jsoucno samo je za prvé Bůh sám a že ostatní jsoucno závisí na Bohu, jeho filosofie vlastně metafyzikou začíná, neboť jeho nejsystematičtější díla (SPP a ST) vycházejí od zkoumání Boha o sobě jako základu přírody a existence čehokoliv. Plným právem tedy lze hovořit o "Tomášově metafyzice".
Jeho metafyzika zároveň umožňuje demonstrovat výše uvedené tvrzení, že Tomáš byl sice silně ovlivněn Aristotelem, avšak vytvořil svébytný filosofický systém. Proto bude postup dalšího výkladu následující: